Club Penguin se desarrolló y se inició el 24 de octubre de 2005 cuando Lance Priebe y Lane Merrifield, empleados de New Horizon Productions (que se convirtió en New Horizon Interactive en 2005) en Kelowna, Columbia Británica, vieron la necesidad de crear «redes sociales para los niños», por lo que se decidió fundar Club Penguin cuando no tuvieron éxito en la búsqueda de «algo que tenga algunos componentes sociales, pero seguro, y no sólo comercializado como seguro» para sus propios hijos. Merrifield y Priebe se acercaron al empleado David Krysko con la idea de crear una empresa derivada para desarrollar el nuevo producto.
Antes de empezar a trabajar en Club Penguin, Lance Priebe, en su tiempo libre desarrolló juegos basados en Flash-Web. Como parte de Rocketsnail Juegos, Priebe lanzó en el 2000 «Experimental Penguins», un juego muy similar a Club Penguin. Aunque los pingüinos estuvieron fuera de línea en 2001, fueron utilizados como inspiración para Penguin Chat, que fue liberado poco después de la eliminación de Experimental Penguins. Por lo tanto, cuando Priebe, Merrifield y Krysko decidieron seguir adelante con Club Penguin en 2003, Penguin Chat estaba en línea en el que se pudo basar parte del proceso de diseño. Año y medio después, fue lanzado Penguin Chat 3, una versión actualizada de este.
A principios del verano del 2005, el equipo de Rocketsnail anunció algo llamado Club Penguin, una versión mejorada de Penguin Chat 3. En el sitio actual de Club Penguin solo había un logo y decía que estaba en construcción. Después de dos años de pruebas y desarrollo, la primera versión de Club Penguin se dio a conocer en el 24 de octubre de 2005. Cerraron Penguin Chat unos días más tarde, y luego cerraron Rocketsnail.
Semanas después fue la Beta Testing Party, en la cual regalaron por unas horas artículos especiales. Los Beta Testers tuvieron un mes gratis de membresía y 2000 monedas. Actualmente, los Beta Testers conservan el Beta Hat (un gorrito de fiesta).
El crecimiento fue rápido. Club Penguin comenzó con 40 000 usuarios, y en marzo ese número había llegado a 1,4 millones – una cifra que casi se duplicó en septiembre cuando alcanzó la cifra de 2,6 millones. En ese momento Club Penguin, después de dos años, había llegado a 3,9 millones de usuarios. En el momento en que fue adquirido por Disney, Club Penguin tenía doce millones de cuentas, de los cuales pagaban 700 000 socios y generaba 40 millones de dólares de ingresos anuales.
Aunque los propietarios habían rechazado las ofertas y la publicidad lucrativa en el pasado, en agosto de 2007 se acordó vender la empresa a Disney (tanto Club Penguin como la empresa matriz) por la suma de 350 millones de dólares. Además, a los propietarios se les prometió bonificaciones de hasta 350 millones de dólares si lograban cumplir los objetivos de crecimiento para el año 2009. Al realizar la venta, Merrifield declaró que su principal objetivo durante las negociaciones fue filosófica y que la intención era dotarse de la infraestructura necesaria para seguir creciendo.
El 11 de marzo de 2008 Club Penguin publicó el «Proyecto de Mejoramiento» (CPIP) que permitió a los jugadores lanzar Club Penguin, el 14 de abril de 2008. Los jugadores ya habían realizado un clon de su pingüino para probar estos nuevos servidores de errores y problemas. El ensayo finalizó el 4 de abril de 2008.
En abril de 2008, Club Penguin abrió su primera oficina internacional en el Reino Unido para el apoyo local y en junio de 2008 Disney anunció planes para abrir una oficina en Australia en agosto del mismo año que se abrió el 8 de agosto. El 8 de noviembre de ese año abrió una oficina en Brasil. El 10 de febrero de 2009, el Club Penguin publicó versiones en portugués5 y francés6 y el 29 de junio se publicó una versión del juego en español.
Antes de ser adquirida por Disney, los ingresos de Club Penguin dependían casi exclusivamente de las cuotas pagadas por sus miembros. Sin embargo, la gran mayoría de los usuarios decidió no pagar las cuotas y aprovechar la oferta gratuita. Los que optan por pagar lo hacen porque obtienen beneficios ya que la inscripción es necesaria para poder acceder a todos los servicios tales como la capacidad para comprar ropa virtual para los pingüinos, objetos decorativos e iglús y porque la presión de los compañeros ha creado un «sistema de castas» que separa a los usuarios inscritos de los no inscritos. Tanto en el juego y en el lugar, no se ha incorporado en el sistema, aunque algunos competidores han optado por emplear el siguiente: Por ejemplo, Whyville, que utiliza el patrocinio corporativo, y Neopets, que incluye la colocación de productos.
Una fuente alternativa de ingresos ha sido el desarrollo de una tienda en línea para adquirir mercancías7 que se inauguró en el sitio Web de Club Penguin en agosto de 2006 e incluye la venta de «Puffles» de peluche y camisetas, llaveros, tarjetas de regalos y muchos más artículos. En octubre del 2008 se lanzó una línea de juguetes de peluche de los personajes de Club Penguin que se pueden comprar en línea.